Вечером 26 марта Буданов с начальником штаба Иваном Федоровым употребляли алкогольные напитки в связи с тем, что у Буданова родилась дочь. Находясь в состоянии алкогольного опьянения, Федоров приказал вывести три боевые машины и дать залп по отдельно стоящему дому. Как позднее утверждал на следствии Федоров, здание было нежилым и в нем замечали боевиков. После отказа старшего лейтенанта Багреева открыть огонь Федоров совместно с Будановым нанесли телесные повреждения Багрееву и сбросили его в яму, где последний просидел до утра.
Согласно материалам предварительного следствия, около часа ночи 27 марта Буданов на БМП прибыл в селение Танги. Вместе с военнослужащими Григорьевым и Ли-ен-шоу он вошел в дом Кунгаевых, где находилась Эльза Кунгаева с четырьмя несовершеннолетними братьями и сестрами. По приказу Буданова Григорьев и Ли-ен-шоу завернули Кунгаеву в одеяло и поместили в БМП. Затем Кунгаева была доставлена на территорию в/ч 13206 в помещение, где проживал Буданов.
Буданов стал требовать от Кунгаевой сведения о нахождении боевиков. Затем он начал наносить Кунгаевой телесные повреждения и задушил ее. После убийства Буданов приказал тайно захоронить тело. На следствии Буданов говорил, что он получил сообщения о находящейся в доме женщине-снайпере. Полковник обвинялся первоначально еще и в изнасиловании 18-летней девушки, но это обвинение с него было снято. Изнасилование (а точнее – надругательство над трупом) взял на себя рядовой Александр Егоров, который был в последствии амнистирован (рядовой на суде заявил, что сделал это с помощью черенка саперной лопатки, хотя ни до этого, ни после никаких психических отклонений у него замечено не было). В заключение эксперта В. Ляненко есть такая строчка: "Обнаруженные на трупе Хеды Кунгаевой надрывы девственной плевы образованы за час до смерти..."
Таким образом, речь идет об изнасиловании девушки. Однако необходимая в таких случаях для окончательного вывода биологическая экспертиза так и не была проведена. Более того, утверждается, что экспертиза не подтвердила факта изнасилования Кунгаевой. В час дня Буданов встретился с генерал-майором Герасимовым, который исполнял обязанности командующего группировкой "Запад", и написал заявление о явке с повинной. Начальник Генштаба Анатолий Квашнин назвал Буданова "бандитом и подонком".
Суд
31 декабря 2002 года Северо-Кавказский окружной военный суд признал Буданова невменяемым и освободил его от уголовной ответственности.
28 февраля 2003 года Военная коллегия Верховного суда РФ отменила решение, направив дело на новое рассмотрение.
25 июля 2003 года Буданов признан виновным по трем статьям Уголовного Кодекса РФ — ст. 286 часть 3 ("превышение служебных полномочий"), ст. 126 часть 3 ("похищение человека") и ст. 105 часть 2 ("умышленное убийство при отягчающих обстоятельствах").
На март 2007 года, место отбывания Будановым наказания точно неизвестно.
В августе 2007 года Буданов подал ходатайство об условно-досрочном освобождении, мотивируя его необходимостью быть рядом с больными родителями, однако Димитровградский городской суд Ульяновской области счел эту причину недостаточной.
24 декабря 2008 года суд Димитровограда Ульяновской области удовлетворил ходатайство об условно-досрочном освобождении (УДО) Юрия Буданова.
